Flugmálastjórn Íslands hefur sett sér stefnumið á sjö sviðum. Í fyrsta lagi varðandi viðskiptavini. Annað stefnumiðið nær til meginferla stofnunarinnar þar sem áhersla er á skjalfestingu, gæðakerfi og rekjanleika. Síðan er fjallað um mannauð með áherslu á menntun, þjálfun og fjölbreyttan bakgrunn starfsmanna. Í fjármálum er sérstök áhersla á að greiðslur þeirra sem heimildir hafa standi það vel undir kostnaði að ekki komi til tafa á afgreiðslu og við ákvörðun gjaldskrár sé tekið tillit til alls kostnaðar, svo sem þjálfunar starfsmanna og almennra samskipta við erlendar stofnanir. Lögð er áhersla á að eiga góð samskipti við alla aðila, bæði atvinnurekendur á sviði flugmála, áhugamannafélög, hagsmunaaðila og einstaklinga. Styðja skal rannsóknir í einhverjum mæli til að styðja vandaða ákvörðunartöku og bæta eftirlit. Hvað varðar umhverfismál er stefnan sú að fylgja Evrópuþjóðunum (ECAC) í þeim málaflokki.

Viðskiptavinir/hagsmunaaðilar
• Tryggja að flugöryggi sé ætíð yfir viðurkenndum öryggismörkum og flugvernd fullnægjandi.
• Halda uppi öflugu og sanngjörnu eftirliti með flugstarfsemi og sjá til þess að hún njóti viðurkenningar á alþjóðavettvangi eins og við á.
• Stuðla að því að hvers konar flugstarfsemi dafni hér á landi í sátt við samfélagið og umhverfið.
• Veita þeim sem stunda atvinnurekstur í flugi og öðrum þeim sem flugsamgöngur
• nota faglega og góða þjónustu sem og vandaða úrlausn stjórnsýsluerinda.
• Veita almenningi, hagsmunaaðilum, ráðuneyti og starfsmönnum upplýsingar um markmið og starfsemi stofnunarinnar. <>Gæta hagsmuna aðila í flugi með þátttöku í fundum og starfsemi alþjóðlegra stofnana.

Ferlar
• Tryggja að allir ferlar varðandi heimildarveitingar og eftirlit séu skjalfestir og þeim lýst í gæðakerfi. Úttektum ljúki alltaf með skýrslu og eftirfylgni.
• Framkvæmd einstakra verkferla sé skjalfest í skrám/gögnum og afgreiðsla mála/heimilda rekjanleg lið fyrir lið.
• Leggja áherslu á að munnlegar upplýsingar geti aldrei verið afgreiðsla eða heimild heldur aðeins leiðbeining.

Mannauður
• Leggja áherslu á að stofnunin hafi á að skipa hæfu og dugmiklu starfsfólki með góða og fjölbreytta menntun.
• Stuðla að menntun og þjálfun starfsmanna og efla góðan starfsanda.
• Starfsmenn njóti góðs aðbúnaðar.
• Leitað sé til sérfræðinga utan stofnunar eftir því sem nauðsyn krefur.

Rannsóknir og þróun
• Styðja rannsóknir og þróun á sviði flugmála til að stuðla að og auðvelda vandaða ákvörðunartöku og eftirlit.

Samstarf
• Efla samskipti og samráð við innlenda og erlenda aðila sem að flugsamgöngum koma til hagsbóta fyrir íslensk flugmál.
• Sérstök áhersla skal lögð á þátttöku í evrópsku samstarfi, samráði við rekstraraðila í flugi svo og áhugamannafélög hérlendis.

Fjármál
• Tryggja í samstarfi við samgönguráðuneytið að úttektir og vinna við heimildarveitingar frestist ekki sakir fjárskorts.
• Aldrei myndist biðraðir þar sem beðið er eftir úrlausn mála.
• Greiðsla fyrir þjónustu greiðist af þeim sem hennar njóta og skal eftirlit með leyfishöfum standa undir sér.

Umhverfismál
• Fylgja skal stefnu ESB og ECAC hvað varðar útblástur og hávaða en sérstaklega skal þó huga að sérstöðu Íslands í flugsamgöngum.